วันที่ 7 พฤศจิกายน 2538 พระบาทสมเด็จพระ ปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช บรมนาถบพิตร ได้พระราชทาน พระราชดำริ ให้กรมชลประทานและหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง ร่วมกันศึกษาพิจารณาวางโครงการและดำเนินการปรับปรุง ขุดลอก พร้อมก่อสร้างประตูระบายน้ำและอาคาร ประกอบในคลองลัดโพธิ์ จังหวัดสมุทรปราการ ที่แต่เดิมมีสภาพตื้นเขินมาก เพื่อย่นระยะทางการไหลของน้ำในแม่น้ำเจ้าพระยาบริเวณคุ้งน้ำช่วงที่ไหลผ่านเขตพื้นที่ บางกระเจ้า จังหวัดสมุทรปราการ ระยะทาง 18 กิโลเมตร ให้เหลือเพียง 600 เมตร ทำให้น้ำในแม่น้ำเจ้าพระยาไหลลัดลงทะเลได้สะดวกและรวดเร็วขึ้น สามารถช่วยบรรเทาปัญหาน้ำท่วมบริเวณกรุงเทพมหานครและปริมณฑลได้เป็นอย่างดี ภายหลังจากโครงการปรับปรุงคลองลัดโพธิ์ อันเนื่องมาจาก พระราชดำริ แล้วเสร็จ เมื่อต้นปี 2549 ได้ใช้เป็นเครื่องมือ ในการบริหารจัดการน้ำและป้องกันปัญหาน้ำท่วมที่เกิดขึ้น ในบริเวณพื้นที่ตลอดสองฝั่งของแม่ น้ำเจ้าพระยา ตั้งแต่อำเภอบางไทร จังหวัดพระนครศรีอยุธยา กรุงเทพมหานคร จนถึงอำเภอพระประแดง จังหวัดสมุทรปราการ ได้บรรลุผลสำเร็จ เช่น เมื่อช่วงปลายปี 2549 ซึ่งเกิดเหตุการณ์น้ำท่วมเป็น บริเวณกว้างในพื้นที่ภาคกลาง กรมชลประทานดำเนินการบริหาร จัดการน้ำผ่านประตูระบายน้ำคลองลัดโพธิ์ได้สูงถึง 900 ลูกบาศก์เมตรต่อวินาที ทำให้สามารถลดผลกระทบจากภาวะ น้ำท่วมลงไปได้อย่างมาก เช่นเดียวกับเหตุการณ์มหาอุทกภัย ปี 2554 ด้วยเช่นกัน