ถึงแม้ว่าจีนจะเป็นตลาดที่มีโอกาสมากมายของผู้ประกอบการไทย แต่ในโอกาสก็มาพร้อมกับอุปสรรคต่างๆ ไม่ว่าจะเป็นการประสานงานกับหน่วยงานภาครัฐหรือเอกชนของจีน ภาวะความซับซ้อนของตลาด การแข่งขันที่มีอัตราสูงขึ้น ซึ่งทั้งหมดทั้งมวล SMEs ไทยต้องคํานึงถึงปัจจัยที่อาจก่อให้เกิดความเสี่ยงในอนาคตด้วย

1. อุปสรรคทางภาษี (Tariff barrier)

อุปสรรคเรื่องภาษีและค่าธรรมเนียมโควตาเป็นสิ่งแรกๆที่เกิดขึ้นกับ SMEs ไทย เนื่องจากภาษีนําเข้าของจีนค่อนข้างสูง และนอกจากภาษีศุลกากรแล้ว ผู้ส่งออกไทยยังต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม โดยจะมีการเก็บทันทีที่สินค้าไปถึง ซึ่งตามกฏหมายจีนจะเรียกเก็บภาษีในอัตราร้อยละ 13 และ 17 ขึ้นอยู่กับประเภทของสินค้านําเข้าที่ด่านนําเข้าของจีน

2. อุปสรรคที่ไม่ใช่ภาษี (Non-Tariff barrier)

นอกจากเรื่องภาษี จีนยังมีอุปสรรคในการค้าต่างๆอีก เช่น มาตรการด้าน QC สินค้า, ขั้นตอนทางด้านศุลกากร, การอนุญาตนําเข้าและการกําหนดให้ต้องมีการตรวจสอบรับรอง

3. อุปสรรคด้านความสามารถในการแข่งขัน

ผู้ส่งออกไทยมักพบปัญหาเรื่องกฎระเบียบและข้อบังคับหลายประการ กล่าวได้ว่าเป็นอุปสรรคทางการค้าอีกประการ ที่ทําให้เกิดต้นทุนการดําเนินงานและกระบวนการส่งออกที่ทําให้มีต้นทุนสินค้าที่เพิ่มมากขึ้น ซึ่งจะทําให้ผู้ส่งออกของไทยไม่มีขีดความสามารถในการแข่งขันเมื่อเทียบกับคู่แข่งขันภายในประเทศและคู่แข่งจากชาติอื่นๆ เช่น ไต้หวันและเวียดนาม

4. อุปสรรคด้านสิ่งอํานวยความสะดวก

สาธารณูปโภคและโครงสร้างพื้นฐานคือหนึ่งในปัญหาสําคัญของการเข้าสู่ตลาดของจีนในแต่ละมณฑลและระดับท้องถิ่น เนื่องจากจีนมีข้อจํากัดในการกระจายสินค้าเข้าสู่ตลาดภายในประเทศของตน โดยเฉพาะปัญหาเรื่องเครือข่ายของระบบคมนาคมขนส่ง รวมทั้งระบบโลจิสติกส์ในหลายพื้นที่

5. อุปสรรคในการสื่อสารและการเจรจาการค้า

ผู้ประกอบการไม่เพียงต้องเตรียมพร้อมเรื่องภาษา แต่ยังต้องเรียนรู้วัฒนธรรมจีนและอุปนิสัยของคนจีนด้วย เพราะถือว่าเป็นส่วนสําคัญอีกอย่างในการทําธุรกิจกับคนจีน ซึ่งจําเป็นต้องใช้สายสัมพันธ์และใช้เครือข่ายในการทําการตลาด โดยเฉพาะในระดับท้องถิ่น ทั้งนี้คนจีนยังมีอุปนิสัยที่คิดเร็วทําเร็ว หากทำการค้ากับคนจีน จึงต้องมีความรวดเร็วในเรื่องของข้อมูลสินค้า กระบวนการตกลงการซื้อขาย รวมไปถึงการหาความร่วมมือในการค้าด้วย